Los fondos se han dividido en tres colecciones que, por los artistas y obras que las componen, mantienen una línea discursiva coherente, tanto de las piezas dentro de una misma colección como respecto a las otras dos colecciones.

Desde junio de 2016 las Colecciones ICO forman parte de la Red Digital de Colecciones de Museos de España (CER.ES), un catálogo colectivo en línea, que reúne información e imágenes de una importante selección de los bienes culturales que forman las colecciones de todos los museos integrantes. La incorporación de los fondos de las Colecciones ICO supone el enriquecimiento de esta red de ámbito nacional gestionada por el Ministerio de Educación Cultura y Deporte al facilitar el acceso de esta gran colección de arte contemporáneo español a todo el mundo, y favorecer así su difusión e investigación.